Le Comité exécutif, composé de 10 membres, avec le Secrétaire exécutif siégeant en tant que membre ex-officio, est le second organe d’administration du CODESRIA. Ses membres sont élus par l’Assemblée générale sur la base de l’égalité de représentation des cinq régions d’Afrique, à savoir, l’Afrique australe, l’Afrique centrale, l’Afrique orientale, l’Afrique du Nord et l’Afrique de l’ouest. Le Comité exécutif se réunit au moins une fois par an et est responsable de la réalisation des objectifs pour lesquels le Conseil a été établie. Il est responsable devant l’Assemblée générale pour ses activités et pour le recrutement du personnel international travaillant au sein du Secrétariat exécutif. Il est également chargé d’approuver le rapport annuel d’activités, le budget et plan de travail élaboré par le Secrétariat exécutif.

Depuis 1973, le CODESRIA a été présidé par les personnes suivantes :

• 1973-1976 : Pr. Jacques Kazadi Nduba Wa Dile
• 1976-1979 : Pr. Kankam Twum-Barima
• 1979-1981 : Pr. Justinian F. Rweyemamu
• 1982-1985 : Pr. Jacob Mumbi Mwanza
• 1986-1989 : Pr. Claude Ake
• 1989-1992 : Pr. Taladidia Thiombiano
• 1992-1995 : Pr. Ernest Wamba-Dia-Wamba
• 1995-1998 : Pr. Akilagpa Sawyerr
• 1998-2002 : Pr. Mahmood Mamdani
• 2003-2005 : Mrs Zenebeworke Tadesse
• 2005-2008 : Pr. Teresa Cruz e Silva
• 2008-2011 : Pr. Sam Moyo
• 2011-2015 : Pr. Fatima Harrak
• 2015-2018 : Pr. Dzodzi Tsikata
• Depuis 2019 : Pr. Isabel Maria Casimiro

A l’issue de la 15ème Assemblée générale du CODESRIA , tenue du 17 au 21 Décembre 2018 à Dakar (Sénégal), le Pr. Isabel Maria Casimiro a été élue Présidente du CODESRIA.

Membres du Comité exécutif élus par la 13e Assemblée générale du CODESRIA tenue en décembre 2011 à Rabat (Maroc)