Le Comité scientifique, composé de douze membres choisis par le Comité Exécutif et dont le secrétariat est assuré par le Secrétaire exécutif du Conseil, est le troisième organe de gouvernance du CODESRIA.
Ses membres sont désignés par l’Assemblée générale en tenant compte de la diversité en termes de genre, de générations ainsi que d’origine géographique, linguistique et disciplinaire de la communauté africaine de la recherche en sciences sociales. Le Comité scientifique se réunit au moins une fois par an et est responsable de ses activités devant l’Assemblée générale.